La rémunération des fonctionnaires en arrêt maladie vient de changer, et ce n’est pas un simple ajustement administratif. Depuis quelques mois, la question revient dans toutes les administrations : combien va-t-on réellement toucher en cas de congé de maladie ordinaire ? La réponse tient en un chiffre, mais elle mérite d’être détaillée pour comprendre son impact réel sur le salaire net.
Nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire 2025 : ce qui change concrètement
Depuis le 1er mars 2025, un agent public en congé de maladie ordinaire ne perçoit plus l’intégralité de son traitement dès le premier jour. La rémunération passe désormais à 90% du traitement indiciaire brut pendant les trois premiers mois d’arrêt, contre 100% auparavant. Cette bascule découle de l’article 189 de la loi de finances pour 2025, un texte qui a fait couler beaucoup d’encre dans les rangs syndicaux avant son adoption définitive.
Concrètement, le mécanisme reste identique pour la suite de l’arrêt : au-delà de trois mois, l’indemnisation retombe à 50% du traitement pendant les neuf mois suivants, comme c’était déjà le cas avant la réforme. Seule la première phase change, mais elle concerne la grande majorité des arrêts courts, qui représentent l’essentiel des absences dans la fonction publique.
La règle des 90% : comment fonctionne la baisse d’indemnisation ?
La logique de cette réforme s’inspire directement de ce qui existe dans le secteur privé, où les salariés subissent déjà un jour de carence et une indemnisation partielle. Pour les agents publics, le gouvernement a choisi une formule différente : pas de jour de carence supplémentaire pour l’instant, mais une réduction du taux de remplacement du salaire dès le premier jour du congé de maladie ordinaire.
Le calcul se fait sur le traitement indiciaire brut, c’est-à-dire la partie fixe de la rémunération liée à l’échelon et au grade de l’agent. Cette base ne comprend pas les primes ni les indemnités, ce qui a des conséquences importantes sur le montant réellement perçu, comme on le verra plus loin.
Qui est concerné par cette réforme ?
Le champ d’application est large. Les agents titulaires et les stagiaires, qu’ils travaillent à temps complet ou à temps partiel, sont directement touchés par ce nouveau taux de 90%. Le décret n°2025-197 du 27 février 2025 a également étendu cette règle aux agents contractuels, qui bénéficiaient jusqu’alors d’un maintien à 100% de leur rémunération pendant un congé de maladie ordinaire.
Cette extension aux contractuels a d’ailleurs surpris une partie des observateurs, tant elle aligne désormais leur situation sur celle des titulaires pour cette phase précise de l’arrêt. Les congés de longue maladie et les congés de longue durée ne sont en revanche pas concernés par cette baisse : les règles d’indemnisation qui leur sont propres restent inchangées.
Qu’advient-il des primes et indemnités ?
C’est souvent le point le plus mal compris de la réforme. Les primes et indemnités liées à l’exercice effectif des fonctions peuvent être réduites, voire suspendues, pendant un arrêt maladie, selon les règles propres à chaque employeur public. Le traitement indiciaire à 90% n’inclut donc pas automatiquement le maintien du complément indemnitaire, ce qui peut créer un écart plus important que prévu entre le salaire habituel et le salaire perçu pendant l’arrêt.
Il faut donc regarder de près le régime indemnitaire propre à son administration ou sa collectivité, car les pratiques varient sensiblement d’un employeur à l’autre.
L’article 189 de la loi de finances pour 2025 modifie l’article L.822-3 du Code général de la fonction publique. Le décret d’application du 27 février 2025 précise les modalités pour les agents contractuels, alignés sur le régime des titulaires pour cette phase de 90%.
Date d’application et gestion des arrêts en cours
La réforme s’applique aux arrêts débutant à partir du 1er mars 2025. Pour les arrêts déjà en cours à cette date, les administrations appliquent en général la nouvelle règle au prorata, à partir de la date d’entrée en vigueur, sans rétroactivité sur les jours déjà indemnisés à 100%. En cas de prolongation d’un arrêt initié avant cette date, il convient de vérifier auprès du service gestionnaire les modalités exactes de calcul, car des disparités existent selon les ministères et les collectivités.
Cette réforme des arrêts maladie s’inscrit dans un mouvement plus large qui doit se poursuivre jusqu’en 2026, avec d’autres ajustements potentiels annoncés dans le cadre du PLFSS 2025 et des débats budgétaires à venir sur le financement de la sécurité sociale.
Impact financier : exemples concrets sur votre fiche de paie
Prenons un agent dont le traitement indiciaire brut mensuel s’élève à 2 200 euros. Avant la réforme, un mois complet de congé de maladie ordinaire lui garantissait ce même montant. Depuis mars 2025, ce même mois d’arrêt donne droit à 90% de cette somme, soit environ 1 980 euros, une différence de 220 euros qui peut peser lourd sur un budget mensuel, surtout si l’arrêt se prolonge.
| Période | Avant mars 2025 | Depuis mars 2025 |
|---|---|---|
| 3 premiers mois | 100% du traitement | 90% du traitement |
| Mois 4 à 12 | 50% du traitement (demi-traitement) | 50% du traitement (demi-traitement) |
Sur un traitement plus élevé, disons 3 000 euros bruts mensuels, la perte atteint 300 euros sur un mois complet à 90%, contre le maintien intégral auparavant. Certaines mutuelles santé proposent des garanties de prévoyance complémentaires qui peuvent compenser partiellement cette baisse, mais cela dépend entièrement des contrats souscrits individuellement ou collectivement par l’employeur.
Contexte et raisons de cette réforme
Le gouvernement justifie cette mesure par la nécessité de maîtriser le budget de la sécurité sociale et de réduire les dépenses publiques liées à l’absentéisme dans la fonction publique. Les chiffres avancés lors des débats parlementaires évoquaient un absentéisme en hausse constante depuis plusieurs années chez les agents publics, avec un coût estimé à plusieurs centaines de millions d’euros annuels pour les employeurs publics.
Les organisations syndicales ont vivement critiqué cette réforme, la jugeant injuste envers des agents déjà confrontés à des conditions de travail parfois difficiles, notamment dans les secteurs hospitalier et éducatif. Le débat reste ouvert sur l’équilibre à trouver entre maîtrise budgétaire et protection sociale des agents publics, et d’autres ajustements pourraient encore intervenir avant l’échéance 2026 évoquée par le ministère de la Fonction publique.
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